将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
乔尔·麦克哈尔 詹妮弗·格雷 胡凯莉 马修·默瑟 格蕾·德丽斯勒 菲尔·拉马 吉尔伯特·戈特弗雷德 罗宾·阿特金·唐斯 泽拉·法扎尔 马修·杨·金 戴夫·B·米谢尔 尔玛·泰勒 杜山·布朗 凯尔·怀亚特